بنابر نقل منهاج سراج در طبقات ناصری، سلطان محمد خوارزمشاه پس از آنکه موفق شد در خراسان بزرگ و ماوراءالنهر به پیروزی‌های چشمگیری دست یابد، به فکر تسخیر چین افتاد. اما شنیدن اخبار فتوحات چنگیزخان در مغولستان و تبت و نیز تسخیر پکن در سال ۶۱۲ هجری قمری، او را در تصمیمش مردد کرد. از همین رو، برای ارزیابی صحت و سقم این اخبار، هیئتی را به چین روانه کرد. نویسنده‌ی طبقات ناصری به تفصیل ماجرای بازدید خود از پکن و فجایعی را که با چشم خود دیده، در کتابش نقل کرده است. او در پایان روایت خود، از اشتیاق چنگیزخان برای ایجاد پیمان‌های تجاری میان خود و خوارزمشاهیان سخن می‌گوید و می‌نویسد که چنگیزخان هنگام بازگشت این هیئت، هدایای بسیاری را برای خوارزمشاه فرستاد:
«در وقت مراجعت، [چنگیز] تحف و هدایای بسیار با ما به خدمت خوارزمشاه فرستاد و گفت: محمد خوارزمشاه را بگویید که: من پادشاه آفتاب برآمدنم [شرق] و تو پادشاه آفتاب فرو شدن [غرب]. میان ما عهد مودت و محبت و صلح مستحکم باشد و از طرفین تجار و کاروان‌ها بیایند و بروند و ظرایف و بضاعت که در ولایت من باشد، برِ تو آرند و آنِ بلاد تو همین حکم دارد.» (طبقات ناصری، ج ۲، ص ۱۰۳)
بدین ترتیب چنگیزخان کوشید با ایجاد روابط حسنه، از سوی خوارزمشاهیان که بزرگ‌ترین حکومت اسلامی آن عصر به شمار می‌رفتند، به رسمیت شناخته شود. او حتی برای آگاهی از اوضاع و احوال قلمرو خوارزمشاه، هیئتی متشکل از سه ایرانی را همراه با هدایایی گران‌قیمت به دربار محمد خوارزمشاه فرستاد. محمود خوارزمی، علی خواجه بخاری و یوسف کنکای اتراری کسانی بودند که در این سفر پیغام چنگیزخان را به سلطان خوارزم تسلیم کردند. اما نامه‌ی چنگیزخان چندان به مذاق سلطان محمد خوش نیامد؛ زیرا چنگیزخان در این نامه تلویحاً او را دست‌نشانده‌ی خود خوانده و از سرکشی بیم داده بود. بر اساس گزارش کتاب سیرت جلال‌الدین منکبرنی، سلطان خوارزمشاه، محمود خوارزمی را به پای‌بندی به تعهد میهنی‌اش ترغیب کرد و از او خواست که در مقام جاسوس، اخبار چنگیزخان را به وی گزارش کند. اما این فرستاده که در تاریخ به «یَلَواج» (به معنی سفیر) مشهور است، خشم شاه را فرونشاند و ضمن تشویق او به ایجاد روابط تجاری، از هرگونه جنگ‌طلبی برحذرش داشت.
پس از این دیدار، نخستین کاروان تجاری ایرانیان راهی مغولستان شد و با وجود سوءاستفاده‌ی برخی از بازرگانان، چنگیزخان تلاش کرد راه مدارا را پیش بگیرد. او نیز متقابلاً کاروانی را راهی ایران کرد و به مسلمانان تحت امر خود دستور داد که شاهزادگان، سرداران و امرا، هر کدام سه نفر از نزدیکانشان را آماده کنند تا همراه با سرمایه‌ای که در اختیارشان قرار می‌گیرد، عازم قلمرو خوارزمشاه شوند. تعداد مسلمانانی که در این سفر تجاری حضور داشتند ۴۵۰ نفر بود.
جرقه‌ی فاجعه با طمع‌ورزی غایرخان، والی اترار و برادرزاده‌ی ترکان‌خاتون (مادر خوارزمشاه)، زده شد. بنابر نوشته‌ی نویسنده‌ی طبقات ناصری، غایرخان به اموال یکی از کاروانیان طمع کرد؛ اموالی که شامل «یک قطعه زر صامت بود؛ چندان چه گردن شتری و پانصد شتر بار از زر و نقره و حریر» می‌شد. او این دارایی‌ها را ضبط کرد و برای کسب تکلیف، پیکی به سوی خوارزمشاه فرستاد. همان‌طور که در کتاب سیرت جلال‌الدین منکبرنی آمده است، غایرخان به کاروانیان مغول تهمت زد که در پوشش بازرگان، مشغول جاسوسی هستند. البته شایان توجه است که شیوه‌ی نظامی چنگیزخان پیش از حمله‌ی همه‌جانبه، همواره جاسوسی و کسب اطلاعات از مناطق هدف بود؛ بنابراین با در نظر گرفتن این استراتژی، شاید گمان غایرخان چندان هم دور از واقعیت نبوده باشد. در هر صورت، غایرخان در آتشی دمید که پیش از آن در وجود خوارزمشاه روشن شده بود.
وصول پیغام غایرخان به سلطان محمد، با بازگشت ناموفق خوارزمشاه از لشکرکشی به بغداد مصادف شد؛ لشکری که بخش زیادی از آن در برف و کولاک گردنه‌ی اسدآباد همدان گرفتار شده و به همراه اسب‌هایشان از بین رفته بودند. خوارزمشاه با توجه به روحیه‌ی خرافی خود، این شکست را به فال بد گرفت و بدون عاقبت‌اندیشی، به قول جوینی در کتاب تاریخ جهانگشا، «آن گروه مسلمان را که به حرم امن او پناه جسته بودند، به قتل رسانند و ثروت ایشان را که غنیمتی شگرف می‌پنداشتند، بردارند.» غایرخان نیز بنا به دستور مستقیم شاه، تمام کاروانیان را قتل‌عام کرد و در این میان تنها یک نفر جان به در برد که توانست خود را به چنگیزخان برساند و ماجرا را بازگو کند. چنگیزخان با شنیدن این خبر، فرستادگانی نزد سلطان محمد گسیل داشت و ضمن سرزنش او به دلیل پیمان‌شکنی، طلب غرامت کرد و پیغام داد که «اگر می‌گویی که اینال‌خان [غایرخان] بی‌فرمان تو چنین کاری کرده است، او را به من تسلیم کن.»
تسلیم غایرخان عملاً غیرممکن بود؛ چرا که او پسردایی سلطان محمد بود و لشکریانی که ضامن قدرت نظامی حکومت بودند، بیشتر فرمان‌بردار مادر شاه یعنی ترکان‌خاتون بودند تا خودِ او؛ مشخص بود که ترکان‌خاتون نیز هرگز به تسلیم کردن برادرزاده‌اش رضایت نمی‌داد. استیصال سلطان محمد در این موقعیت حساس، نتیجه‌ی تندروی‌های بی‌حساب و کتابی بود که پیش از این هیچ متحدی برای او باقی نگذاشته بود. از جمله‌ی این اشتباهات بزرگ می‌توان به حذف نام خلیفه از خطبه‌ها و تلاش برای عزل او، به قتل رساندن روحانیان سرشناسی همچون شیخ مجدالدین بغدادی، برکناری و کشتن خطیب بخارا، تبعید بهاءولد (پدر مولانا) و دیگر روحانیان بانفوذ از بلخ، قتل‌عام مردم سمرقند و جریحه‌دار کردن احساسات عمومی، نابود کردن سلسله‌های محلی و تحمیل مالیات‌های سنگین بر دوش مردم اشاره کرد.
به هر روی، همه‌ی این عوامل دست به دست هم دادند تا مقدمات فاجعه فراهم شود. حتی الناصر لدین الله، خلیفه‌ی عباسی، نیز علی‌رغم هشدارهای مشاورانش، مغولان را برای تاخت‌وتاز در شهرهای ایران ترغیب کرد تا بتواند انتقام سرکشی‌های سلطان محمد خوارزمشاه را به دست چنگیزخان بگیرد.
بنابراین، فاجعه‌ی اترار تنها یک جرقه بر انبار باروتی بود که سال‌ها لجاجت، استبداد داخلی و انزوای دیپلماتیکِ سلطنت خوارزمشاهی آن را انباشته بود. سقوط این امپراتوری پهناور بیش از آنکه حاصل قدرت نظامی مغولان باشد، نتیجه‌ی منطقی «دیپلماسی انتحار» و تصمیمات نابخردانه‌ای بود که تمام پل‌های پشت سر حاکم را خراب کرد؛ سلسله‌اشتباهاتی که هم‌پیمانان داخلی و منطقه‌ای را به دشمن تبدیل نمود و کشور را در آستانه‌ی بزرگ‌ترین طوفان تاریخ، کاملاً تنها و بی‌دفاع ساخت تا از درون متلاشی شود.